Existem três tipos de microscópio com capacidade de produzir imagens tridimensionais. Microscópio eletrônico de varredura (SEM) e de transmissão (TEM) usam feixes de elétrons. Microscópio confocal a laser usa feixe de laser. Embora produzam imagens 3D, também são usados para 2D.
Muito potentes: ampliam até 500.000x. Feixe de elétrons muito fino permite imagens de alta resolução. Os mais potentes distinguem objetos a 1-5 nm. Devido à natureza do feixe, produzem imagens com bordas sombreadas, aspecto 3D.
Também muito potentes: até 750.000x. Alguns separam objetos a 1 nm. Produzindo múltiplas imagens do mesmo espécime em ângulos diferentes, cria-se imagens 3D.
Distinguem diferentes profundidades da amostra. Usando computador, muitas imagens são produzidas em profundidades selecionadas. Recombinadas, formam uma imagem 3D da amostra original. Permite imagens mais detalhadas usando múltiplos focos numa imagem, superando a capacidade da luz de distinguir níveis de amostra complexa.
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