Grande cuidado deve ser tomado ao operar microscópios eletrônicos porque estes emitem radiação. Utilizam campo elétrico que acelera elétrons permitindo visualizar estruturas microscópicas ampliadas da matéria. Essencialmente, usam eletroímãs em vez de lentes para formar imagem; elétrons são usados em vez de luz. Pessoas não devem operar ou fazer manutenção em microscópios eletrônicos até serem completamente treinadas e informadas sobre a radiação envolvida.
Microscópios eletrônicos têm várias vantagens sobre tradicionais. Maior profundidade de campo, permitindo mais espécime focado de uma vez (Purdue University). Resoluções mais altas que microscópios ópticos, permitindo níveis de ampliação muito maiores.
Microscópio eletrônico nunca deve ser modificado por mão inexperiente, pois pode representar risco de segurança ao próximo operador. Blindagens e portas de visualização devem permanecer inalteradas para evitar risco de exposição acidental à radiação. Segundo Harvard, apenas certas organizações são qualificadas para fazer ajustes se necessário.
Certos dispositivos de segurança devem estar em vigor enquanto microscópio eletrônico está ativo ou inativo. Luzes de segurança (fail-safe) devem indicar ao operador que produção de raios-X está ocorrendo (Harvard). Medidores GM de janela fina verificam eficácia das blindagens monitorando níveis de radiação. Segundo Universidade da Pensilvânia, rótulos de aviso devem ser claramente afixados no microscópio e ao redor informando sobre radiação envolvida.
Pessoal exposto à radiação emitida por microscópios eletrônicos deve contatar sua organização local de especialista em radiação imediatamente após incidente. Essas organizações também aprovam aquisições e descartes de microscópios eletrônicos e podem fornecer informações atuais e regulamentos de segurança.
Se nenhum operador qualificado estiver perto, ninguém mais deve ter acesso livre ao microscópio. Sala que abriga microscópio deve ser trancada com segurança se não houver operador qualificado. Blindagens devem ser fixadas de forma que não sejam facilmente removíveis. Deve-se manter registro com datas e horários de uso e por quem. Também recomendado registrar tensão do feixe junto com outras informações.
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