Mesmo que sua organização tenha pesquisado os benefícios e vantagens de usar um supercomputador para enfrentar problemas difíceis e complicados, você descobrirá que supercomputadores também apresentam algumas desvantagens. Quanto maior e mais poderoso o supercomputador, mais infraestrutura e manutenção ele requer para realizar os cálculos que você pretende alcançar.
Pesquisadores usam supercomputadores para trabalhar com enormes conjuntos de dados que processam em alta taxa enquanto geram quantidades cada vez maiores de dados adicionais, como quando cientistas trabalham em previsão do tempo ou simulam detonações de bombas nucleares. Uma desvantagem é que supercomputadores requerem unidades de armazenamento externas massivas cuja largura de banda é rápida o suficiente para acomodar os dados sendo analisados e produzidos. Se armazenamento e largura de banda não conseguem acompanhar o fluxo de dados, o supercomputador não será capaz de trabalhar em sua capacidade total.
Sistemas de supercomputador são construídos conectando múltiplas unidades de processamento e podem exigir grandes salas para armazená-los. O grande número de processadores emite mais calor que computadores padrão, o que é uma desvantagem porque requer uma infraestrutura de refrigeração. O supercomputador também precisa de software para monitorar como é usado e detectar falhas, e uma equipe de suporte maior que o típico para administrar e dar suporte ao computador, seu armazenamento externo e rede de alta velocidade.
Um supercomputador que pode simular a localização de potenciais depósitos de petróleo ou o progresso de várias permutações de um sistema de furacão pode custar muito dinheiro, o que pode ser uma desvantagem se sua organização deve trabalhar com orçamento limitado. Por exemplo, um supercomputador IBM Watson "custa cerca de $3 milhões, segundo a revista Computerworld. O Fujitsu's K Computer para o Riken Advanced Institute of Computational Science em Kobe, Japão custou $1,2 bilhão para construir e requer $10 milhões por ano para custos operacionais, segundo o The Atlantic.
Diferente de computadores desktop comuns que podem terminar de calcular um problema em poucos minutos ou durante a noite, supercomputadores trabalham em tarefas que requerem cálculos intensivos que podem levar períodos extremamente longos para completar. Por exemplo, um supercomputador pode passar meses realizando cálculos para apoiar pesquisa sobre mudança climática ou ajudar a curar uma doença, apresentando uma desvantagem para pessoas que têm pressa por resultados rápidos.
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