As pens USB são uma forma notavelmente conveniente de armazenar informação. Com a invenção destes pequenos e acessíveis dispositivos, os utilizadores podem transportar facilmente dados essenciais entre computadores. O seu tamanho permite levá-las em porta-chaves ou bolsas, e a capacidade de armazenamento cresce anualmente. Contudo, estes populares dispositivos têm desvantagens que devem ser ponderadas antes de decidir se servem às suas necessidades.
Adrian Kingsley-Hughes relata que a empresa de segurança Syss encontrou uma vulnerabilidade de encriptação na maioria das pens USB. Esta falha expõe todos os dados, independentemente de programas de autenticação pré-existentes. Segundo Kingsley-Hughes, os principais fabricantes emitiram recalls ou atualizaram software, mas os utilizadores devem verificar os seus dispositivos e proceder com cautela com dados sensíveis.
A força das pens USB pode também ser a sua fraqueza. Por serem desenhadas para serem o mais pequenas possível para facilitar a portabilidade, são também muito mais fáceis de perder. Seja entre o conteúdo de uma bolsa, numa gaveta ou num escritório movimentado, encontrar estes pequenos dispositivos pode ser difícil. O risco de escorregarem entre almofadas do sofá ou caírem do bolso é muito maior do que com dispositivos maiores.
O design da pen drive geralmente envolve uma ficha USB retrátil. Como em qualquer peça móvel, o desgaste pode danificar ou partir a ficha. E como pouco protege a pen, existe também o potencial de dobrar o metal relativamente mole da ficha USB, o que torna o dispositivo inútil.
Com o tempo, os ficheiros na pen drive podem corromper-se e tornar-se ilegíveis. Isto pode resultar da partilha da drive com muitos computadores e sistemas diferentes. Algumas empresas, como a USB Drive Recovery.com, oferecem software de recuperação que pode corrigir a corrupção e resgatar ficheiros perdidos, mas não há garantias. Inversamente, as pens podem infetar computadores. Michael Horowitz, no seu artigo da CNET "USB Flash Drives Need a Condom", alerta que as pens são uma forma fácil de propagar vírus e corromper sistemas; recomenda programas de análise para investigar drives e proteger o computador.
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