A Apple utiliza seu próprio sistema operacional proprietário, que desde 2001 é derivado do Unix e conhecido como OS X. Antes do OS X, existia o OS 9, também chamado de "Classic". Em junho de 2014, a versão mais recente do OS X era o "Mavericks". Ele está disponível em todos os sistemas principais da Apple, incluindo MacBook Pro, MacBook Air e iMac.
Em outubro de 2013, a Apple lançou o OS X 10.9, conhecido como Mavericks. O sistema atualizado estava disponível como download gratuito na Mac App Store e continha mais de 200 novos recursos em comparação com a versão anterior, Mountain Lion. Novos aplicativos incluíam o iBooks — um leitor de e-books — e o Mapas. O sistema operacional da Apple também contém aplicativos como Mail, iTunes e Mensagens, além do Finder, que é o centro de todo o sistema.
Edições anteriores do sistema operacional OS X possuíam seus próprios nomes de código. A primeira versão foi chamada de "Cheetah". Outros nomes incluíram Puma, Jaguar, Panther, Tiger, Snow Leopard e Lion. Em junho de 2014, a Apple lançou uma versão beta do OS X 10.10, conhecido como "Yosemite". A Apple afirmou que o novo sistema continha uma interface redesenhada, aplicativos aprimorados e melhor conectividade entre Macs e dispositivos iOS.
Todos os novos computadores Mac já vêm com a versão mais recente do sistema operacional da Apple. Para garantir que o sistema funcione sem problemas, a Apple lança ocasionalmente atualizações menores pela Mac App Store, que podem ser baixadas gratuitamente. O sistema operacional atual também está disponível na Mac App Store para usuários com máquinas mais antigas. O OS X 10.9 Mavericks é uma atualização gratuita para qualquer usuário de Mac que execute o OS X 10.6.8 ou superior.
Embora a Microsoft e a Apple tenham sistemas operacionais completamente separados, é possível executar o Windows em um Mac. Os computadores Mac vêm com um aplicativo chamado "Boot Camp", que permite particionar o disco rígido em segmentos separados. Sistemas operacionais alternativos, como o Windows 7, podem ser instalados em partições individuais e inicializados separadamente. Também é possível executar ambos os sistemas operacionais — Windows e Mac — simultaneamente usando software de virtualização, como Parallels, VMware Fusion ou VirtualBox. Uma cópia legítima do Windows é necessária para instalar o sistema operacional.
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