Protozoários ciliados são organismos microscópicos com filamentos externos. O microscópio eletrônico é ideal para observá-los, mas precisam passar por fixação, usando substâncias químicas como tetróxido de ósmio e acetato de uranila. Segundo o Protocol Online, após fixação, as células são desidratadas com etanol e secas. Esse protocolo permite observar filamentos de protozoários com microscópio eletrônico.
Protocolos de imunofluorescência são usados com microscópio óptico, anticorpos e produtos químicos fluorescentes. Empregam-se para observar células isoladas e tecidos, que precisam de preparo prévio. Usam-se fenilenodiamina, glicerol, bodipy falacidina, carbonato-bicarbonato e anticorpo de camundongo chamado tubulina. Esse preparo torna alguns componentes celulares fluorescentes, facilitando a observação.
Segundo o Ahmanson Center for Advanced Electron Microscopy and Imaging, material biológico congelado pode ser melhor seccionado a -130 °F, preservando detalhes celulares. As amostras são imersas em nitrogênio líquido e sacarose. A secção é feita com crioultramicrótomo, que corta secções três vezes mais finas que uma teia de aranha. A amostra é colocada em lâmina de vidro e revestida com gelatina, enzima poli-L-lisina ou corante azul alciano.
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