A partir de 2004, o promissor projeto iPodLinux ofereceu aos fãs de música um SO Linux embarcado baseado em µClinux como alternativa subversiva ao firmware padrão do iPod da Apple. A equipa iPodLinux revelou a sua última versão estável em 2007, desaparecendo depois em 2009. Utilizadores reportaram resultados mistos ao tentar correr iPodLinux em iPods de 5ª geração.
Na data de publicação, a última versão estável do iPodLinux — versão 2.3 — remonta a janeiro de 2007. Embora instaladores estejam disponíveis via MacUpdate e vários sites, o site oficial do projeto já não existe, e a conta Twitter da equipa de desenvolvimento está inativa desde final de 2009. Embora a versão 2.3 do iPodLinux tentasse abordar funcionalidades específicas do iPod de 5ª geração — que era, nessa altura, o modelo mais recente da Apple — muitos bugs em aberto permanecem no tracker.
Embora alguns dos seus decodificadores de áudio sejam otimizados para reprodução em tempo real, o iPodLinux tem problemas com saltos quando usado no iPod de 5ª geração com chip PortalPlayer PP5020. Embora o iPodLinux afirme oferecer reprodução em tempo real para ficheiros WAV até bitrate de 96 kHz e ficheiros MP3 e AAC de bitrate constante até 320 kbps, a reprodução para ALAC e Musepack não é otimizada, e o firmware consegue lidar com ficheiros OGG apenas até 128 kbps.
Na data de publicação, a versão estável mais recente do iPodLinux não incluía driver de kernel para o buzzer piezoelétrico do iPod de 5ª geração, o dispositivo responsável pelo "clique" que deu o nome à click wheel. Na altura da última versão estável, a equipa de desenvolvimento ainda lutava para fornecer suporte completo para gravação no modelo de 4ª geração, que podia gravar via microfone mas não através da entrada de linha. Como tal, o iPodLinux não contém suporte para gravação de qualquer tipo no iPod de 5ª geração.
Alguns utilizadores reportaram que, após instalar o iPodLinux, o arranque bloqueia e exibe um ícone de pasta com símbolo de aviso. Segundo a equipa de desenvolvimento do iPodLinux, este erro pode resultar de falha de disco rígido, corrupção de firmware ou de tentar instalar o firmware iPodLinux num iPod que ainda não é suportado. No caso das duas últimas opções, a equipa recomenda reiniciar o iPod em modo disco e usar o iTunes para restaurar o iPod às definições de fábrica.
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