Tanto MSI quanto EXE são tipos de arquivo usados pelo Windows para instalar e rodar programas. Executam essencialmente a mesma tarefa, mas de maneira ligeiramente diferente.
"EXE" é abreviação de "executable", com extensão ".exe" após o nome. Exemplo: "install.exe" seria arquivo executável de instalação. Arquivos executáveis podem instalar aplicação ou rodar aplicação já instalada, e são primariamente associados à Microsoft Corp.
Arquivo "MSI" é um Windows Installer File, também associado à Microsoft e Windows. Tem extensão ".msi" após o nome, como "install.msi", e funciona similarmente ao EXE no sentido de instalar programas no computador.
A principal diferença: arquivo MSI é projetado para instalação silenciosa (desatendida). Contém registro de teclas e cliques necessários para instalar completamente. Por outro lado, arquivo EXE pode exigir que usuário clique "OK", "Next" ou escolha opções durante a instalação.
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