O uso de relógios de ponto por reconhecimento de impressão digital às vezes oferece uma solução tecnologicamente mais avançada do que relógios de ponto tradicionais. Embora esta nova tecnologia possa às vezes fornecer uma solução mais vantajosa, ela também traz várias desvantagens.
Embora este tipo de relógio de ponto seja dito ser mais conveniente, o sistema lê apenas porções específicas da impressão digital. Se o dedo do usuário não estiver posicionado corretamente, o sistema falha em creditar sua validade; portanto, o usuário é então obrigado a reposicionar manualmente o dedo, o que consome mais tempo.
O uso deste sistema às vezes requer não apenas a impressão digital do usuário, mas também um PIN válido, o que pode ser mais difícil de usar do que sistemas tradicionais.
Este tipo de sistema requer o uso de hardware e software de computador modernos, que podem ser muito caros.
Falsas rejeições — também chamadas de "erro tipo I" na maioria dos sistemas biométricos — acontecem quando o sistema se recusa a registrar a própria impressão digital de um funcionário como válida, falhando em autorizar essa pessoa.
Falsas aceitações — ou erros tipo II na maioria dos sistemas biométricos — acontecem quando o sistema registra um ponto feito por um funcionário diferente, identificando incorretamente uma pessoa não autorizada.
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