Marcadores de DNA são sequências de DNA de um gene localizadas nos cromossomos da planta. Cada planta tem seus próprios marcadores de DNA únicos, o que facilita distingui-la de qualquer outra. Marcadores de DNA ajudam pesquisadores a estudar a composição genética de diferentes organismos e classificá-los. Conseguem classificar plantas segundo marcadores de DNA usando várias técnicas.
Cada organismo tem composição genética diferente e portanto DNAs diferentes. A composição genética de dois organismos mesmo da mesma espécie não são semelhantes. Porém, o arranjo ou sequência de DNA numa planta é similar independentemente da parte da planta analisada. Pesquisadores usam este conhecimento para identificar e classificar espécies.
Marcadores de DNA são portanto indicadores genéticos de certos traços no material genético de organismos. São usados como ponteiros importantes para certos caracteres observáveis. Pesquisadores conseguem usar este conhecimento para modificar organismos aumentando sua produtividade e adaptabilidade. Esta tecnologia melhorou o cruzamento de novas variedades de plantas.
O pesquisador ou pessoa classificando as plantas começa coletando material de DNA das várias fontes disponíveis. Estes materiais podem ser coletados de raízes ou folhas. Um pedaço de material de DNA de qualquer destas partes pode fornecer material suficiente para pareamento das plantas.
Após coletar o material gênico destas áreas, um processo conhecido como sondagem gênica é feito. Durante este processo, o pesquisador sonda certas sequências de DNA da amostra. Ao sondar, consegue buscar fitas complementares de DNA. As sondas são geralmente tiradas de um dos DNAs e aplicadas a outro. Baseado na especificidade do genótipo da planta analisada, a sequência de DNA é geralmente específica a certa planta e assim facilmente usada como marcador de DNA para distinguir uma planta da outra.
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