Desenvolvedores instalam sistemas operacionais feitos com Windows CE em vários eletrônicos, como máquinas de costura e caixas de cabo, enquanto smartphones e dispositivos móveis usam sistemas baseados no Windows Mobile. A Microsoft licencia o Windows Mobile, e vários distribuidores licenciam produtos Windows CE.
Desenvolvedores de Windows CE escolhem entre cerca de 700 componentes, que juntos criam programas de software e sistemas operacionais para uso em uma variedade de eletrônicos. Desenvolvedores de Windows Mobile escolhem componentes destinados a um tipo de dispositivo e os combinam com tecnologias específicas do dispositivo, um programa shell e aplicativos para criar sistemas operacionais.
Sistemas operacionais Windows Mobile podem funcionar na maioria dos smartphones e dispositivos móveis. Sistemas operacionais Windows CE não têm tal flexibilidade. Eles funcionam apenas no hardware para o qual foram projetados e não podem funcionar corretamente quando usados com um dispositivo eletrônico diferente.
O Windows Mobile pode rodar apenas até 32 processos por vez, cada um usando um espaço de endereço virtual de 32MB, que mapeia dados para seu endereço físico. O Windows CE pode rodar até 32.768 processos de uma vez com 2GB de espaço de endereço virtual disponíveis para cada processo.
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