Embora a Apple ofereça o iTunes como único método oficial de adicionar músicas ao iPod, vários programas de terceiros têm recursos semelhantes e podem sincronizar mídia automaticamente ou manualmente. Nem todos funcionam com todos os modelos de iPod, e você pode não conseguir sincronizar as mesmas mídias que o iTunes suporta ou converter para formato compatível.
O MediaMonkey é um bom substituto do iTunes, com muitos recursos de reprodução e sincronização. Suporta todos os modelos de iPod, incluindo o software do iPhone e iPad. Funciona com arquivos comuns (MP3, OGG, WMA, WAV) e converte para AAC compatível com iPod antes de transferir. Roda apenas no Windows. A versão gratuita inclui todos os recursos acima; a paga adiciona funções de organização extras.
YamiPod é um gerenciador de iPod gratuito, simples e minimalista para Windows, Mac OS e Linux. Como programa portátil, roda de um disco USB ou até de um arquivo armazenado no próprio iPod, permitindo adicionar à biblioteca de qualquer computador sem instalação extra. Além de carregar músicas no iPod, o YamiPod pode transferir músicas da memória do dispositivo para o computador criando backups da biblioteca. Não funciona com iPhone ou iPod Touch.
Diferente da maioria, o iPod 2 iPod transfere músicas para um iPod a partir de outro iPod, não do computador. Roda no Windows XP ou superior, suporta transferência de músicas, vídeos e playlists entre dispositivos. Funciona com a maioria das combinações de iPods e também transfere de bibliotecas do iTunes e armazenamento do computador, criando backups completos do iPod automaticamente em intervalos.
O Floola portátil contém um conjunto completo de recursos de gerenciamento de iPod junto com função de reprodução simples para testar músicas. Roda no Linux, OS X e Windows desde o Windows 98. Roda sem instalação em qualquer drive portátil, facilitando colocar músicas no iPod de vários computadores. Funciona apenas com iPods compatíveis com uso de disco rígido.
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